繁荣时期(17世纪中叶—20世纪中叶)17世纪,五世达赖建立甘丹颇章政权,在大力弘扬佛法的同时重视发展藏医药学,采取了许多重大措施使藏医药学进入鼎盛时期。五世达赖本人不但对藏医十分感兴趣,曾邀请大博士查仓巴讲解《四部医典》、《甘露瓶》、《千万舍利》及等许多藏医药学经典,尤其宿钦·却雍让卓等几位名师处聆听宇妥的医学精髓,藏医造诣颇深,五世达赖一生采取了许多促使藏医药发展的措施。首先,批准香若·囊索多杰的请求,重新对《扎塘版四部医典》进行木刻印刷;命令东珠华巴、达莫曼然巴和南郎班钦三人对新版《四部医典》进行认真校对并亲自作了序。与此同时,刻版印刷苏喀·洛哲杰布著的《祖先口述》;下令达莫曼然巴搜集编纂《新老宇妥传》和整理新宇妥著的《医学十八支》,并木刻印刷这两部著作。另外,木版印刷了达莫曼然巴著的秘诀部注疏祖先口述《善说金饰》和后续部脉诊尿诊章以后的注疏祖先口述《疑难金刚结解》,这些措施使得许多医学经典得以传世。尔后积极兴办藏医药教育,先后在拉萨的哲蚌寺西宫新建"索日卓盘林"即医学利众院,任命尼塘仲钦·洛桑嘉措为教官,强欧囊索达杰为管理主持;恢复日喀则桑卓则建立的藏医学堂"章松堆贝林"即仙医云集院,任查戎巴为管理主持。此后又在布达拉的"夏钦觉"、"玉嘉觉"及桑甫尼玛塘建立藏医学校,由强欧巴和达莫曼然巴负责管理,为学习藏医创造条件。五世达赖晚年,从南山邀请多委巴尼粪传授印度瑜迦师木扎左格的白内障拨除手术和藏医的除翳手术秘诀集。邀请日喀则上部属于达玛贡布医学传承的比丘利他和尼仁地区的南夸拉传授强巴派的医典注释和秘诀。并命令达莫曼然巴、勒伞等藏族医生学习鸟仗那大成就者的水银洗炼技术。为了普救众生性命,五世达赖还派人收集各种稀世宝石和历代学者特制的珍宝药品作为原料创制出仁钦章皎大黑丸、查皎丸、动物宝达日玛丸、动物宝白晶塔丸及去毒动物宝丸等,医治患者,广行善业。这一时期的摄政王桑杰嘉措秉承达赖旨意修订《扎塘版四部医典》刻版印刷了现行的《四部医典》,并对这部用偈颂文体写成的经典进行了全面注释和补充,写成《四部医典疏·蓝琉璃》,桑杰嘉措还组织著名画师绘制了"曼汤"79幅,并著有《藏医史》、《秘诀补遗》等一些医著,对藏医发展做出了重大贡献(见第司·桑杰嘉措条)。这一时期出生于洛卡亚多地方的达莫医学博士洛桑却哲是一位医学知识渊博的大师,曾受五世达赖的尝识,担任过达赖的保健医。他一生著书很多,其中《秘诀秘函》、秘诀部祖先口述《善说金饰》、后续部祖先口述《疑难金刚结解》及《新老宇妥传记》等最为著名。他的亲传弟子有医学博士洛哲却佩等多人。总之,甘丹颇章王朝时期,藏医在医疗、教学及对《四部医典》的研究发掘等方面取得了重大成绩。这一时期藏医学不但在西藏地区得到发展,而且在西康、安多、内蒙古等地也有较大发展。

    西康地区,司徒·却吉迥尼最为有名,他著有许多医书,也译有脉诊、天花治疗等中医书籍,在德格八蚌寺创办的藏医学堂,培养了八邦温、嘎玛艾勒丹增、帝玛尔·丹增彭措等许多著名藏医学家,推动了这一地区的藏医的普及和发展(见司徒医学传承条)。